瑜伽自然疗法是基于练习者练习适合自身身体条件的体式以此来让身体恢复活力的前提下，再着手处理疾病的根源，我们的身体必须要尽可能地按自然规律运作。

瑜伽世界观中，有四大支柱：医生、治疗师、病人和药物，其中圣哲帕坦伽利是医生，瑜伽导师是治疗师，学员是病人，而体式就是药物；就如医生要对症下药一般，瑜伽导师在向学员推荐体式时也要根据学员的身体、生理、心理等状况来做出选择，医生或治疗师如果诊断错误，那么开出来的药也就不会是对的，在错误叠加后，所谓的治疗就会变成伤害了，这个道理也同样适用在瑜伽上。

我们的身体是一台复杂且精准的机器，体内则是由关节、肌肉、神经、动静脉、各种血管所组成的庞大网络；要让我们身体各处都保持良好且远离疾病处于最佳工作状态是非常困难的一件事，我们的瑜伽自然疗法则将影响身心的疾病大体分为了三类，一是由于过度使用身体所造成的疾病；二是出生便患有的先天性疾病；三是体内系统不均衡所引发的疾病。

我们可以确认的是瑜伽自然疗法可以治愈上述疾病，而治疗速度、效果则是取决于疾病类型、进展、病人体质和是否积极配合治疗。

而瑜伽自然疗法的原理是基于体式的选择与编排，伸展身体某个部位从而隔离其他部位；而对于先天性残障，瑜伽体式可能无法使其完全康复，但可以有效的缓解痛苦；瑜伽自然疗法的另一个好处是提高练习者本身的感知力和忍耐力，在正确的体式练习下，练习者能够平复自身的躁动，恢复平静，安抚神经，从而消除对疼痛的恐惧感。

然而我们要对药物（体式）有一个确证的认知，药物（体式）并非是一种疗法，它只是加快了治疗进程，只有自然治愈才是真正的疗法；瑜伽自然疗法的理念是促使人体系统尽量高效率、顺其自然的运作下去。然而，自然治愈的过程是以一种自有的节奏与速率运行的，某些情况下其速率可能会异常缓慢；瑜伽自然疗法以了解人体运作方式为起点，让治疗师（导师）去认真地研究疾病的起因、进展，从而给出最有效的药物（体式），从而解除患病的根源。